Tu achètes du bois de coffrage mais tu as l 'exigence d'un bois d'œuvre, il y a une certaine incohérence de ton coté. Si le scieur a débité l'arbre en planches de coffrage, c'est qu'il ne peut rien en faire d'autre. Il n'est pas plus fou que n'importe qui d'entre nous.
Je pense que tes difficultés commencent par là.
Il me donne l'impression qu'il s'agit d'un meuble d'une trentaine d'année. A cette époque on fabriquait de toutes pièces des trous d'insectes afin de vieillir l'aspect du meuble.
Il me semble que cela soit ton cas, des piqures d'insectes à coté du gerce , aussi serrées, sur du bois qui semble sain, sans aubier, me paraissent un peu suspect.
Qu'appelles tu différence, si c'est un très léger désaffleure c'est presque normal, si c'est un millimètre c'est bien trop. Il est fort probable que ton problème vienne de la lamelleuse, soit elle a du jeu, soit tu la positionnes mal sur le chant de tes planches.
Il faudrait que tu évalue ce désaffleure pour te guider. Si c'est léger un coup de racloir dessus et le problème est réglé.
Pour la colle il faut serrer au point de la faire sortir et amener en contact les deux planches. Qu'elle sorte est tout à fait logique surtout si tu as trop chargé, sur la photo la situation me semble bonne.
Pour te faire une réponse complète il faudrait connaitre le type d'assemblage de la porte et si présence de colle ou simplement de chevilles.
Dans ce dernier cas , tu la démontes, raccourcies les panneaux de ce qu'il faut et tu refais les tenons en bout des traverses.
Plus simple tu peux également remplacer les tenons par des pigeons/dominos/ gros tourillons.
Ce n'est pas un gros travail, juste un peu de réflexions pour les cotes.
le riflard est conçu pour enlever du bois rapidement, c'est un outil d'ébauche.
Maintenant en le réglant finement tu peux arriver à un état de surface correct mais qui présentera des ondulations dues à la lame courbe de l'outil. Il te faut toutefois essayer de travailler dans le sens du fil du bois afin d'éviter les arrachures.
Tu n'auras jamais une surface parfaitement plane, les traces de l'outil resteront visibles mais cela peut donner un aspect rustique. Perso j'aime assez bien cette finition qui donne un charme à l'ouvrage. Toutefois il ne faut pas exagérer le phénomène et éviter de travailler des bois noueux car là je doute de l'effet rendu.